En dybdegående pollenanalyse kan afsløre hvilket plantesamfund, der har været dominerende på en arkæologisk lokalitet.
Et stort antal fossile pollen og sporer kan være bevaret i de forseglede jordlag, blotlagt ved de arkæologiske udgravninger. Bevaringen af mikrofossiler afhænger af lokalitetens sedimentationshistorie og jordbundsforhold.
Før pollenanalysen kan foretages udtages prøver af de forseglede jordlag. Jordprøverne gennemgår herefter en kemisk præparation. Ved præparationen fjernes planterester, sand og ler således at kun mikrofossiler er tilbage i prøven. Disse skal herefter identificeres under mikroskop. Identifikationen foregår ved 400 - 1000 ganges forstørrelse. Efter en identificering og optælling af mindst 500 terrestriske pollen- og sporetyper, kan plantesamfundet rekonstrueres. Ved analyse af flere prøver med tidsmæssig afstand kan større ændringer i pollensammensætningen identificeres. Ændringer, som kan skyldes naturlige forstyrrelser af vegetationen, såsom skovbrand eller vandstands- og klimaændringer eller kulturel påvirkning såsom husdyrgræsning og agerbrug m.m.
