Arkæologisk afdeling
På herregården Moesgaard har Moesgaard Museums arkæologiske afdeling kontorer. Museets arkæologer samarbejder i det daglige med forskere og studerende ved Aarhus Universitet, som de deler bygninger og kontorer med. Herregården huser nemlig Aarhus Universitets studier for arkæologi og antropologi.
Moesgaard Museums ansvarsområde
Moesgaard Museum har som lokalmuseum ansvaret for de arkæologiske undersøgelser i Århus, Odder og Favrskov kommuner. Desuden foretager museet i samarbejde med Samsø Museum arkæologiske udgravninger på Samsø.
Marinarkæologi
Moesgaard Museum er godkendt som museum med et marinarkæologisk ansvarsområde for farvande, søer og åer i et område, der strækker sig fra den sydlige del af Mariager fjord til den nordlige del af Vejle fjord.
Specialmuseum
Moesgaard Museum varetager som specialmuseum også overregionale opgaver, hvilket betyder, at museets ansatte kan foretage udgravninger og arkæologiske undersøgelser uden for det definerede lokalområde (ansvarsområde). Sådanne opgaver varetages altid i samarbejde med de lokalmuseer, der har det arkæologiske ansvar i det givne område. Nogle af opgaverne udføres i samarbejde med Aarhus Universitet.
